14年前初号机疑似神化第一形态的觉醒带来近三冲击使世界发生前所未有的巨变在此之后葛城美里（三石琴乃 配音）等NERV旧部出走成立了反抗seele和NERV的WilleWille授命明日香（宫村优子 配音）和真里（坂本真绫 配音）夺回被封印在卫星轨道上的初号机和碇真嗣（绪方惠美 配音）但绝对禁止真嗣登上初号机感受到周遭的敌意懵懂的真嗣跟随绫波丽（林原惠美 配音）登上突然入侵的九号机返回了千疮百孔的NERV总部在这里他意外重逢朝思夜想的绫波还从父亲那里得知自己将和美少年渚薰（石田彰 配音）共同驾驶十三号机长达14年的空白期间的沧桑巨变和情感纠葛让真嗣不知所措而看似温柔的渚薰为他揭开了种种难以置信的真相……　　本片为EVA新剧场版四部曲的第三部